对于血清、腹水和组织培养上清的澄清，离心和过滤是基本的实验室技术，这些技术可以去除会阻塞层析柱的脂类和小颗粒物质。对于某些样品，缓冲液置换和除盐也是必要的步骤。硫酸铵沉淀作为更进一步的预处理步骤，经常用于浓缩腹水中的免疫球蛋白。
抗血清
多克隆抗体有时是不经纯化的，称为血清或抗血清。抗血清是指已经除去了凝血蛋白和血红细胞的免疫宿主的血液。抗血清包含所有种类的抗体/免疫球蛋白以及其它血清蛋白。它所包含的不仅有识别靶抗原的抗体，还有识别非靶抗原的抗体，在免疫分析中有时会发生非特异性反应。由于这个原因，粗制抗血清通常要进行纯化，以去除血清蛋白，增加能特异和靶抗原相结合的免疫球蛋白的比例。
组织培养上清
单克隆抗体可以通过杂交瘤细胞培养（细胞分泌性抗体）并收获杂交瘤组织培养上清来获得。
腹水
单克隆抗体可以通过在小鼠的腹腔中生长杂交瘤细胞而产生。杂交瘤细胞注射入小鼠以后，就会在小鼠腹腔繁殖并产生液体（腹水）。这种腹水就包含了高浓度的可收获抗体，比杂交瘤细胞培养有更高的抗体产量。
抗体纯化
多克隆抗血清或单克隆腹水/组织培养上清通常通过下述三种方法中的一种来进行纯化：
蛋白 A/G 纯化
蛋白 A/G 纯化是应用金黄色葡萄球菌的蛋白 A 或链球菌的蛋白 G 对免疫球蛋白 Fc 段的高亲和性。蛋白 A/G 纯化从粗制抗血清中去除了血清蛋白，但没有去除非特异的免疫球蛋白组分。结果蛋白 A/G 纯化的抗血清仍然具有一小部分不期待的交叉反应性。
亲和纯化
亲和纯化是通过相似性分离某一特定蛋白或具有相似特征的一组蛋白。这种分离蛋白的技术是基于在蛋白和耦合于层析介质上的特定配基之间的一种可逆的相互作用。
抗原亲和纯化是利用免疫球蛋白能够特异性地同刺激它产生的抗原进行结合的特点，消除了大量的非特异免疫球蛋白成分，把与目标抗原特异结合的免疫求蛋白富集。因此亲和纯化后获得的主要是含目标特异性免疫球蛋白。
前吸收
多克隆抗体有时要经过前吸收。也就是说它们要被不同物种来源的其它蛋白或血清吸收，以消除可能的交叉反应的抗体。这样纯化后的抗体纯度和特异性都很高，任何交叉反应都被显著减少。