微生物肉眼看不见，发明了显微镜才发现了微生物，而显微镜是由眼镜发展而来的。
据史书记载，中国东汉就有了镜片，那是用来聚光取火的，不是眼镜。北宋欧阳修极度近视，趴着看书写作，还没有眼镜戴。到了南宋就有眼镜的记载了。元代，马可波罗在元大都看到官员们戴着眼镜批阅公文，后来就把眼镜传入欧洲。到了清代顺治年间，北欧荷兰一个眼镜店的小学徒叫列文虎克，每天的工作就是把镜片磨成凹的做近视镜，磨成凸的做老花镜。这种单调的工作竟成了他终生的爱好，中年以后他做了市长助理，业余仍然磨镜片。他磨了一个很凸的镜片，这便是最早的显微镜，竟能看到水滴中的“微小生物”，由此打开了微生物世界的大门。
明清以后，欧洲的科学之所以超过中国，主要因为中国的知识分子只对积淀深厚的文化感兴趣，而欧洲没有那么深厚的文化，知识分子普遍对科学更感兴趣。列文虎克发明的显微镜被广泛仿制，许多知识分子都在观察细菌的形态，而中国的知识分子都在皓首穷经。
到了清代咸丰年间，中国最有学问的曾国藩率领湘军与太平军苦战。欧洲最有学问的巴斯德应商家之请在研究葡萄酒、啤酒酸败问题。巴斯德在显微镜下观察，发现陈年葡萄酒里有一种圆球状的酵母菌，酸败葡萄酒里有细棍状的乳酸杆菌，就推测是乳酸杆菌使葡萄酒、啤酒酸败。做温度试验，只要把酒加热至摄氏五六十度，保持半小时，就可杀死酒里的乳酸杆菌，酒就不会酸败，这就是著名的“巴氏灭菌法”，至今仍在用，我们喝的鲜奶就是这样灭菌的。
曾国藩战胜太平军以后发起的洋务运动，引进列强坚船利炮的同时引进机器制造坚船利炮。这个时期巴斯德在探求医学奥秘：人和动物的某些疾病可能是细菌这样的微生物导致的。他让外科医生先烧灼手术刀再做手术，果然伤口不再感染。他发现得过鸡霍乱而活下来的鸡不会再得鸡霍乱，又发现暴露于空气下的培养基培养的霍乱杆菌的毒性降低，那么给鸡注射低毒的霍乱杆菌可否让鸡产生对霍乱的抵抗力呢？他没有拿鸡做试验，而是拿羊做试验，注射的却是炭疽杆菌。25只羊注射低毒的炭疽杆菌，过几天再注射高毒的炭疽杆菌，结果活得好好的。另25只羊直接注射高毒的炭疽杆菌，结果都死了。免疫理论由此诞生。
巴斯德制成的第一支疫苗是狂犬病疫苗，是用感染狂犬病的兔子的脊髓研末加蒸馏水制成的，给一个被疯狗咬了的小孩注射，挽救了孩子的生命。
1895年，巴斯德患中风去世。曾国藩也是患中风去世的，时间在1872年。
巴斯德以后，微生物学和免疫学继续发展。