（一） 原料与工艺差异
顾名思义，大豆磷脂为提取自大豆，是植物来源；蛋黄磷脂是提取自鸡蛋黄，动物来源。
蛋黄磷脂的生产原料为蛋黄粉，提取方法为有机溶剂提纯法和超临界CO2萃取法。原材料成本高，生产工艺复杂，生产成本也较高。
大豆磷脂的生产工艺相对简单。但是，目前，大多食用、药用卵磷脂的生产原料均为大豆油副产品大豆脚油。由于材料来源广泛，生产工艺简单，价格低廉。
（二） 脂肪酸构成差异
表1. 蛋黄卵磷脂与大豆卵磷脂的脂肪酸组成
| 脂肪酸 | 蛋黄卵磷脂 | 大豆卵磷脂 |
| 内豆蔻酸（ C14:0 ） | 0.38 | 0.90 |
| 棕榈酸（ C16:0 ） | 26.27 | 15.35 |
| 棕榈油酸（ C16:1 ） | 2.80 | 0.11 |
| 十七碳酸（ C17:0 ） | 0.32 | - |
| 十七碳酸 - 烯酸（ C14:1 ） | 0.36 | - |
| 硬脂酸（ C18:0 ） | 9.17 | - |
| 油酸（ C18:1 ） | 41.50 | 17.86 |
| 亚油酸（ C18:2 ） | 16.24 | 54.84 |
| 亚麻酸（ C18:3 ） | 0.30 | 6.31 |
| 花生四烯酸（ C20:4 ） | 1.73 | - |
| 二十二碳四烯酸（ C20:6 ） | 0.53 | - |
| 二十二碳六烯酸（ C22:6 ） | 0.51 | - |
| 其他 | 2.89 | 0.86 |
另外，蛋黄磷脂和大豆磷脂配位的脂肪酸不同：在蛋黄磷脂中R1几乎是饱和脂肪酸，R2通常是不饱和脂肪酸，而大豆卵磷脂R1和R2是饱和酸和不饱和酸混合配位。蛋黄磷脂的脂肪酸组分大多为棕榈酸、油酸，其次为硬脂酸、亚油酸，并且还含有微量花生四烯酸和二十二碳六烯酸等近年来备受关注的多不饱和脂肪酸及奇数碳脂肪酸（如十七烷酸）等；大豆磷脂中亚油酸约占50%，几乎不含C20以上的脂肪酸。
（三） 磷脂类型差异
两者所含磷脂组分有异。与大豆磷脂相比，蛋黄磷脂最令人瞩目的特点是，PC含量较高（可达到70%～80%），基本不含磷脂酰肌醇（PI）和磷脂酸（PA）。下表中给出了蛋黄和大豆中磷脂成分的比较。
蛋黄与大豆中磷脂成分含量的比较(%)
| 磷脂 | 蛋黄 | 大豆 |
| 磷脂酰胆碱 (PC) | 73 | 30 |
| 磷脂酰乙醇胺 (PE) | 15 | 22 |
| 磷脂酰肌醇 (PI) | 1 | 18 |
| 磷脂酸 (PA) | - | 2 |
| 丝氨酸磷脂 (PS) | - | 3-4 |
| 神经鞘磷脂 | 2-3 | - |
| 缩醛磷脂 | 1 | - |
（四） 稳定性差异
由于不饱和度较蛋黄磷脂高，大豆磷脂的碘值偏高，因此更易受空气、光照、温度等因素的影响，发生氧化变性。所以，大豆磷脂的稳定性以及作为药用辅料的使用性能较蛋黄磷脂差。
（五） 批间稳定性差异
大豆磷脂的批间稳定性很难维持，这可能跟原料为大豆脚油有关。脚油是大豆油生产的副产品，因此很难保证质量稳定。而蛋黄粉是母鸡蛋割蛋后分离蛋清，将蛋黄脱水的直接产品。
